تتم هذه المرحلة على مستوى "متفشيات الضرائب "، ويقصد بتصفية الضريبة "تحديد دين الضريبة,أي تحديد المبلغ الذي يتعين على المكلف بالضريبة دفعه، إن عملية التصفية تعني تقنيا إخضاع الأساس الضريبي للمعدل الضريبي الواجب التطبيق، مع القيام بالتخفيضات التي قد ينص عليها التشريع الضريبي، هذه التخفيضات قد تمس الأساس الخاضع للضريبة، أو قد تمس الضريبة في حد ذاتها، أو تمس رقم الأعمال الإجمالي أو الربح والدخل الإجمالي.7
لكي تحدد إدارة الضرائب دين الضريبة يجب عليها أولا أن تتحقق من أن كافة شروط فرض الضريبة تنطبق على الشخص المكلف  بها، وبالتحديد تتأكد من مدى تحقق الواقعة المنشئة للضريبة، والنظر فيما إذا كانت هذه المادة تخضع للإعفاءات أو التخفيضات على نحو ما هو محدد في الأحكام الضريبية، وبعدها يتم إخضاع الأساس الضريبي إلى معدل ونسبة الضريبة، لتتم التصفية وفق هذا الشكل  وعليه تصبح واجبة التحصيل.
لقد أعطت معظم التشريعات الجبائية للمكلفين بالضريبة حق الطعن في تصفية الضريبة بالطرق التي يحددها القانون وهي التي تختلف من دولة لأخرى  تبعا لاختلاف  قواعد المنازعات الضريبية.